Výpočet a zobrazení dutin v molekulách

Written by Martin Maňák

Martin Maňák

University of West Bohemia

Seminar in Czech
May 28, 2013 at 11:00
University of West Bohemia, UK417

Abstract

Na semináři si ukážeme algoritmus výpočtu a zobrazení analytického povrchu dutin v molekulách. Model povrchu molekuly hraje významnou roli při analýze volného prostoru v proteinech. Tento model se skládá z částí férických a toroidálních plátů a jeho podoba závisí na uživatelském parametru - poloměru sondy. Postupy výpočtu jsou sice známy již od roku 971, ale jejich efektivita klesá s rostoucím poloměrem sondy.

Náš algoritmus využívá aditivně-váženého Voronoi diagramu, což mu dovoluje efektivní konstrukci povrchu i pro velké poloměry sondy. Podobné řešení iž několik let úspěšně propaguje korejská výzkumná skupina VDRC. Naše řešení ale zvládne i velké molekuly a dokáže pracovat s jednotlivými utinami samostatně.